O Hospital da Criança de Brasília (HCB) apoia o desenvolvimento de pesquisas científicas delineadas por seu corpo de pesquisadores, com o objetivo de contribuir para a formação de pediatras e profissionais de saúde bem como para o avanço científico. O HCB também valoriza a colaboração com instituições de ensino e pesquisa, tanto no Distrito Federal como no âmbito nacional e internacional. Diversos pesquisadores da instituição fazem parte de grupos de pesquisa cadastrados no Diretório dos Grupos de Pesquisa do Brasil – CNPq.